中国科学院昆明动物研究（以下简称昆明动物所）所成立于1959年4月，其前身为昆虫研究所紫胶站,1963年改名为中国科学院西南动物研究所，1970年划归云南省后改名为云南省动物研究所，1978年重归中国科学院，恢复原所名。

　　中国科学院知识创新工程实施以来，昆明动物所以“创新跨越、持续发展”为指导思想，以科学发展观为统领，立足中国西南和东南亚丰富的生物资源，以进化遗传与进化发育、生物多样性资源利用与保护生物学、重大疾病机理与灵长类动物模型为三大重点发展领域，相互交叉合作，开展基础性、战略性和前瞻性科技创新活动，力争使1～2个学科组达到国际领先水平，3～4个学科组进入国际前沿。

　　昆明动物所现设有遗传资源与进化国家重点实验室、中国科学院动物模型与人类疾病机理重点实验室、中国科学院与云南省共建的“动物生殖生物学重点实验室”和“畜禽分子生物学重点实验室”，2个中国科学院-马普青年科学家小组，人类疾病灵长类动物模型研究团队，与香港中文大学联合共建“生物资源与疾病分子机理联合实验室”和非法人研究单元“中国科学院昆明灵长类研究中心”。

　　2008年，昆明动物所作为项目法人建设单位，与云南省人民政府共建“西南生物多样性实验室”并通过可行性研究报告评审，各项建设工作进展顺利。院省合作共建的“昆明动物博物馆”库藏标本近65万号，是我国第二大、西南地区最大的动物标本库，也是我国热带、亚热带动物种类、数量收藏最多的标本库，全年接待各类参观者10余万人。2008年，该馆进入蓝版《云南省旅游护照》。研究所图书情报中心实现计算机自动化系统管理，通过网络与院内外文献信息系统合作，建成了技术先进、功能完善的文献信息服务网络，实现了资源共享；依托馆藏丰富资源和Elsevier、Springer、Nature、Science、Blackwell数字化系统，为读者提供各种数据库查询、科技查新、引文检索、信息导航、信息咨询、定题服务等信息服务。研究所科研仪器与设备总值7900多万元，有表面等离子共振仪、全自动克隆挑取系统、全自动芯片点样仪、激光共聚焦显微镜、流式细胞仪、多道神经元单位放电记录仪、基因芯片系统、基因分型系统、双向电泳系统、倒置荧光显微镜等先进的仪器装置。2008年，昆明动物所牵头组建了“昆明生物多样性大型仪器区域中心”，“昆明国家生物产业基地实验动物中心”获得国家发改委批准建设。

　　截止2008年底，昆明动物所共有在职职工240人，流动人员285人离退休人员149人，进创新岗位155人。在职职工中，共有科研人员213人，科技支撑人员27人，包括中科院院士1人，研究员26人，副研究员及高级工程师32人，中国科学院“百人计划”入选者10人、“国家杰出青年科学基金”获得者5人，项目聘用人员77人；流动人员中，共有客座研究员8人、在学研究生234人（其中博士生105人，有1人是TWAS资助的外籍博士；硕士生128人）、与其他单位联合培养研究生32人、在站博士后14人。研究所设有动物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学二级博士培养点和二级动物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学、生物化学与分子生物学硕士培养点，并设有生物学一级博士后流动站。

　　2008年，研究所共有在研项目225项（包括新增项目65项）。其中主持国家重点基础研究发展计划（973）项目3项，参与课题18项，中国高技术研究发展计划（863）课题5项，国家科技支撑计划项目4项，科技部重大专项4项；主持国家基金创新群体1项，国家基金杰出青年项目2项，国家基金重点项目11项，云南省—NSFC联合基金2项，国家基金国际合作交流项目3项；中国科学院知识创新工程重要方向项目14项，中国科学院学部咨询项目1项，中国科学院“百人计划”项目2项，“西部之光”项目2项，“西部之光”后续支持项目1项，“西部博士”项目3项，在职博士研究生资助项目2项，社会实践类研究生创新项目1项，院地合作项目2项，“生物分类学”专项1项，国家杰出青年匹配资助1项；国际合作项目4项；与地方政府合作项目12项。全年争取项目合同经费共计12077万元，其中院外项目经费9763万元。

　　2008年，研究所创新成果显著。在进化遗传与进化发育领域，发现了一酵母新基因BSC4，对认识新基因起源进化有重要意义，相关结果发表在《Genetics》上；提出种内microRNA导致的基因组范围的表达谱变异在进化中可能有助于物种对环境的适应，为基因表达水平提供了更宽广的“缓冲带”，研究结果发表于国际知名生命科学刊物《Nucleic Acids Research》。在重大疾病机理与灵长类动物模型领域，发现了辣椒素能保护大脑海马结构的记忆功能，该发现发表在生物精神病学《Biological Psychiatry》杂志上；与中山大学合作发现特定线粒体DNA（mtDNA）单倍型类群对 Leber遗传性视神经病变发病与否有重要影响，研究结果发表在生命科学领域国际顶尖杂志《The American Journal of Human Genetics》上。研究所主持承担的2项国家重点基础研究发展计划项目（973）和1项重大科学研究计划（973）顺利通过国家科技部组织的项目中期总结和评估。

　　2008年全所共发表各类科技论文202篇，其中，SCI刊物发表论文150篇（占论文总数的74.25%），累计影响因子420.369，SCI论文平均影响因子2.869，在本领域TOP30%的SCI刊物发表论文60篇，CSCD刊物52篇；申请专利11项，受理11项，授权2项；完成科技成果登记工作4项；获得云南省科技成果奖3项，其中自然科学奖一等奖1项，二等奖1项，科技进步奖1项。

　　2008年，昆明动物所共派出科研人员47人次，接待外宾180人次；与国外专家合作发表论文23篇；有在研国际合作项目12项；承办“2008中科院－晨兴灵长类生物医学国际研讨会”和“药物成瘾机制与临床防治途径国际研讨会”2个国际会议；建立了“国际生命条形码（iBOL）中国委员会”办公室。

　　昆明动物所是云南省动物学会、云南省昆虫学会、云南省细胞与生物学会、云南省免疫学会的挂靠单位，负责编辑出版动物学核心刊物《动物学研究》，该刊物被评为2008年度中国精品科技期刊。