历史沿革： 筹建于1958年10月，1959年8月正式成立，时称中国科学院上海理化研究所，2003年6月经国家批准定为现名。拥有两大园区，分别坐落于上海市科技卫星城嘉定区和张江高科技园区，占地面积共约700亩。是专业从事民用非动力核技术科学研究的国立研究所，以同步辐射等先进光源技术、束线技术及离子束技术研究，标记化合物与放射性药物、辐照新材料及辐照装置、先进探测与成像技术等民用非动力核技术科学的基础、应用研究及其相关交叉、边缘学科研究为主，同时积极推进民用非动力核技术科学研究成果的产业化。
学科领域与方向： 学科领域为：先进光源和束线、先进离子束的科学与技术研究，核物理及交叉、边缘学科研究，核技术科学的应用研究等。主要学科方向包括：先进光源和束线的科学与技术研究，基于N&NBIU（核科学与纳米科技、生命科学、信息技术、超快技术）汇聚技术的交叉科学研究，核物理实验和理论研究，核技术科学的应用研究等。
机构设置： 分为基础研究部门、应用研究中心、技术支撑部门、管理部门、科技企业五大类，基础研究部门中包括专门从事上海光源工程工作的技术部。建有“中国科学院核分析技术重点实验室”、“上海市低温超导高频腔技术重点实验室”。
人员状况： 截止2005年底，全所共有在职职工725人，其中科技人员482人，中国科学院院士1人，研究员级科技人员52人。设有粒子物理与原子核物理、核技术及应用、无机化学博士、硕士学位培养点，设有光学工程、电磁场与微波技术、信号与信息处理硕士学位培养点，设有物理学、核技术及应用博士后流动站。共计在学研究生277人，其中博士生139人；另有在站博士后5人。
在研（建）重大项目： 上海光源（SSRF）国家重大科学工程，国家973项目 “基于超导加速器SASE自由电子激光的关键物理及技术问题研究”，国家发展改革委民用非动力核技术高技术产业化专项“辐射改性功能型高分子新材料高技术产业化示范工程”和“辐射加工用新型电子加速器系列产业化示范工程”，中科院创新重大项目“核技术应用的关键技术”等。
突出成果： 建所以来共取得科研成果600余项，获各类科技奖项163项，其中国家科技进步奖5项、国家自然科学奖4项。“重离子核反应的集体效应、奇异核产生及其性质研究”、“重质量丰中子新核素的合成鉴别和研究”获国家自然科学二等奖。
交流与合作： 重点围绕光源技术和自由电子激光技术，与国际上拥有同步辐射装置的研究单元开展全面合作；同时开展其他相关交叉学科及高新技术领域的多元化国际合作。在光源技术领域，已与英国DIAMOND、日本Spring-8、意大利ELETTRA与瑞士保罗·谢尔研究所（PSI）、新加坡SSLS、日本同步辐射研究会及日本佐贺大学同步辐射光应用中心签订所级合作协议，与日本KEK国家实验室共同执行据点大学合作协议，与韩国PLS、法国ESRF、德国BESSY-II等机构确立合作与交流关系，与美国五大实验室保持频繁的人员交流与技术合作；在交叉学科研究领域，与德国德勒斯登Rossendorf研究中心、德国莱比锡大学LIPSION实验室开展了良好的国际合作研究工作；在核物理研究领域，2001年加入RICH-STAR国际合作计划（项目）；与中科院高能物理所建立了所级合作关系。
学术刊物： 主办《核技术》、《核科学技术》（英文版）、《辐射研究和辐射工艺学报》等学术刊物。上海市原子核学会、中国物理学会同步辐射专业委员会、中国核学会辐射研究与辐射工艺学分会挂靠上海应用物理所。
2005年是研究所实施知识创新工程承前启后的转折之年，也是承担上海光源国家重大科学工程建设的开局之年。全年完成研究所实施知识创新工程试点二期的总结评估，制订研究所十五年中长期发展规划和知识创新工程三期工作方案，确定成为以“应用”为特色、国际先进、有中国特点的依托基于核技术（加速器）科学的大科学装置的多学科综合性科学研究基地的发展目标。
2005年，上海光源工程加速器各系统设计经过专家评审后，进入样机研制阶段，并已开展34项设备招标；完成首批7条光束线站设计方案、技术指标等的优化调整；公用设施工程完成工程设计和大部设备招标；建筑安装工程攻克抗微振动、控制不均匀沉降和异型屋面等设计难关，主体建筑基础工程已经基本完工，进入上部结构施工阶段，辅助建筑结构封顶——上海光源工程建设进展得到上海市和中科院领导的充分肯定。100MeV电子直线加速器顺利通过专家鉴定测试；973项目“放射性核束物理和核天体物理”通过科技部结题评审并获得好评；基于N&NBIU的交叉学科研究发表多篇高水平论文。精心组织实施民用非动力核技术高技术产业化专项项目，与北京紫泉能源环境技术有限公司合作承建的山东利津热电厂烟气脱硫示范工程正式启动，探索科技成果转化新机制、新模式。创新一期、二期园区基本建设项目全部完成，并顺利通过中科院组织的竣工专业验收。积极扩大国际国内学术交流与合作，与新加坡光源签订所级合作协议，与英国DIAMOND光源、美国伯克利国家实验室和俄罗斯BINP草拟合作协议。
在明确了未来发展方向之后，上海应用物理研究所将在中国科学院新时期办院方针指导下，面向科学前沿、面向国家需求，以完成上海光源国家重大科学工程建设任务为工作重点，为研究所的持续发展打好基础。
